Folytonos küzdelem zajlott a beszivárgó talajvízzel. A leállás éveiben is a legfontosabb a betonkorrózió elleni védekezés volt, mert a félig kész alagutakból hiányzott a vízszigetelés. A folyamatosan beszivárgó talajvíz gyengítette a betont. A Déli pályaudvari állomás alagútjaiba például óránként 40 m3 talajvíz szivárgott be. Mivel a végleges szigetelés megoldására nem volt keret, olcsó és gyors megoldásként az injektálást választották: ezzel a módszerrel a talaj közé, a talaj repedéseibe cementet és betont préseltek be. Injektálás után, ha az eredményes volt, vízzáró vakolattal látták el az alagutat, ami lezárta a szigetelés műveletét.